Los patrones del tiempo globales determinan las condiciones generales del tiempo. En el caso del trópico, la humedad y calor es abundante, y de acuerdo a la ubicación de los sistemas de Alta Presión del Atlántico, son las condiciones resultantes del tiempo del Caribe.

La Oscilación del Sur de El Niño es un fenómeno natural que se ha producido durante siglos, donde las temperaturas superficiales del agua en el Océano Pacífico, al oeste de Perú, cambian y oscilan de frías a calientes. Cuando ocurre el calentamiento de las aguas, se le conoce como El Niño, pero cuando ocurre el enfriamiento se le conoce como La Niña. Cuando las temperaturas del agua son normales, se le conoce como Neutral. Estas fluctuaciones son cíclicas pero irregulares, apareciendo cada dos a siete años. La extensión de cambios de temperaturas del agua son extensas, y tienen impacto en la atmósfera global.

Los periodos con lluvia menor de lo normal en la Región del Caribe coinciden con variaciones en el fenómeno El Niño durante el invierno y una reducción en el número e intensidad de los huracanes. De hecho, uno de los fenómenos que más incide en la distribución general de la lluvia del trópico es la Oscilación del Sur de El Niño (o mejor conocido como el fenómeno de El Niño).

Durante eventos de El Niño, hay una deficiencia de lluvia en los meses de junio a septiembre, mientras que en eventos de La Niña, hay un exceso de lluvia (imagen de METED).

Durante el evento de El Niño, localmente hay más lluvia en época de invierno pero hay menos lluvia en época de verano. De hecho, este fenómeno controla la actividad ciclónica del Atlántico, disminuyendo la frecuencia de ciclones tropicales, disminuyendo la intensidad de las ondas tropicales, y moviendo los ciclones tropicales que se formen lejos de la Antillas. Los sistemas de Altas Presiones dominan cerca del Caribe, y las vaguadas entre África y las Antillas tienden a debilitar las ondas tropicales y desviar la trayectoria de huracanes del Caribe.

Si bien es imposible con antelación pronosticar el inicio exacto de una sequía, los meteorólogos e hidrólogos están al tanto de las deficiencias de lluvia, las temperaturas extremas y las señales del inicio del fenómeno de El Niño. Ha sido estudiado que hay una relación de eventos de El Niño con los periodos de sequía de Puerto Rico.

En un estudio realizado por el Servicio Nacional de Meteorología en San Juan, determinaron que los eventos de lluvia en la época seca (enero-marzo) son de menor impacto en años de El Niño, porque hay mayor precipitación. En la época lluviosa (mayo-septiembre), la actividad de lluvia es reducida en años de El Niño.

En un estudio realizado por el Servicio Nacional de Meteorología en San Juan, determinaron que los eventos de lluvia en la época seca (enero-marzo) son de menor impacto en años de El Niño, porque hay mayor precipitación. En la época lluviosa (mayo-septiembre), la actividad de lluvia es reducida en años de El Niño.

La reducción normal de lluvia y caudal en los ríos durante rachas secas no deben confundirse con eventos de sequía. La severidad de la sequía y su desarrollo se puede ver a través de varios índices que determinan la reducción de las lluvias. En el Servicio Nacional de Meteorología se usan dos índices: el Palmer Index, que considera parámetros meteorológicos e hidrológicos como la humedad del terreno, y pone énfasis en las consecuencias agrícolas. Sus valores numéricos oscilan de menor o igual a -4 es sequía extrema, y de mayor o igual a +4 es humedad extrema.

También usan el Índice US Drought Monitor que es una síntesis de múltiples índices y representa el consenso de varios científicos. Estos índices dan una base matemática para dar comienzo a planes de contingencia para las sequías.

El Índice US Drought Monitor identifica en un mapa las áreas del país que están anormalmente secas(D0), en una sequía moderada (D1), en sequía severa (D2), sequía extrema (D3) y sequía excepcional (D4).